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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
01/09/2020 |
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Data da última atualização: |
02/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, P. I. T.; SILVA JUNIOR, O. B. da; RESENDE, L. V.; SOUSA, V. A. de; AGUIAR, A. V. de; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
PEDRO ITALO T. SILVA, UNB; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; LUCILEIDE V. RESENDE; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
A 3K Axiom SNP array from a transcriptomewide SNP resource sheds new light on the genetic diversity and structure of the iconic subtropical conifer tree Araucaria angustifolia (Bert.) Kuntze. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 15, n. 8, e0230404, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal. pone.0230404 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
High-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and
wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model
species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation,
SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an
Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of
the species. RNA-seq was a far superior source of SNPs when compared to RAD-seq in terms
of conversion rate to polymorphic markers on the array, likely due to the more efficient complexity reduction of the huge conifer genome. By matching microsatellite and SNP data on the
same set of A. angustifolia individuals, we show that SNPs reflect more precisely the actual
genome-wide patterns of genetic diversity and structure, challenging previous microsatellitebased assessments. Moreover, SNPs corroborated the known major north-south genetic
cline, but allowed a more accurate attribution to regional versus among-population differentiation, indicating the potential to select ancestry-informative markers. The availability of a public,
user-friendly 3K SNP array for A. angustifolia and a catalog of 44,318 SNPs predicted to provide ~29,000 informative SNPs across ~20,000 loci across the genome, will allow tackling still
unsettled questions on its evolutionary history, toward a more comprehensive picture of the origin, past dynamics and future trend of the species? genetic resources. Additionally, but not less
importantly, the SNP array described, unlocks the potential to adopt genomic prediction methods to accelerate the still very timid efforts of systematic tree breeding of A. angustifolia. MenosHigh-throughput SNP genotyping has become a precondition to move to higher precision and
wider genome coverage genetic analysis of natural and breeding populations of non-model
species. We developed a 44,318 annotated SNP catalog for Araucaria angustifolia, a grandiose subtropical conifer tree, one of the only two native Brazilian gymnosperms, critically endangered due to its valuable wood and seeds. Following transcriptome assembly and annotation,
SNPs were discovered from RNA-seq and pooled RAD-seq data. From the SNP catalog, an
Axiom® SNP array with 3,038 validated SNPs was developed and used to provide a comprehensive look at the genetic diversity and structure of 15 populations across the natural range of
the species. RNA-seq was a far superior source of SNPs when compared to RAD-seq in terms
of conversion rate to polymorphic markers on the array, likely due to the more efficient complexity reduction of the huge conifer genome. By matching microsatellite and SNP data on the
same set of A. angustifolia individuals, we show that SNPs reflect more precisely the actual
genome-wide patterns of genetic diversity and structure, challenging previous microsatellitebased assessments. Moreover, SNPs corroborated the known major north-south genetic
cline, but allowed a more accurate attribution to regional versus among-population differentiation, indicating the potential to select ancestry-informative markers. The availability of a public,
user-friendly 3K SNP array for A. angustif... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Araucária Angustifólia. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215688/1/journal.pone.0230404.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 155 | |
| 2. |  | BORDRN, B.; OLIVEIRA, R. K. de; HIGA, R. C. V.; OLIVEIRA, I. R. de; ZANATTA, J. A. Adaptação agrícola e florestal às mudanças climáticas. In: ANDREOLI, C. V.; PHILIPPI JUNIOR, A. (ed.). Sustentabilidade no agronegócio. Santana de Parnaiba: Manole, 2021. cap. 19, p. 537-560. (Ambiental, 28).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 3. | | FONTANA, A.; PIRES, A. M. M.; VENTURIERI, A.; JESUS, A. H. de; PAULA, A. J. de; MEDEIROS, A. de S.; VARGAS, A. de G.; BERNDT, A.; FERREIRA, A. L.; LUIZ, A. J. B.; ALVES, A. E.; PEREIRA, A. C.; FREITAS, A. F. de; PACKER, A. P.; CAVALCANTE, A. P. C. M.; FRASCA, A. V. da L.; FERNANDES, A.; ZIMBRES, B.; RUDORFF, B. F. T.; DENARDI, B. M.; BORDRON, B.; ALVES, B. J. R.; KRAHEMBUHL, C. B. B. P.; ARAÚJO, C. E. R.; DUBEUX, C. B. S; MAEQUES, C. L.; SILVA, C. R.; BALDI, C.; JANTALIA, C. P.; GESTEIRA NETO, C. J. M.; BACK, C. D.; ANDRADE, C. A. de; AGUIAR, D. A. de; OBERLING, D. F.; OLIVEIRA, D. M. de; CALÇADO, D. M.; GONÇALVES, D. N. S.; MOLLETA, D. G. S.; GAROFALO, D. F. T.; FERREIRA, D.; GOULART, D.; OLIVEIRA, E. C. de; ROSA, E. R.; ALMEIDA, E. G. de; ALBUQUERQUE, E. R. G. M. de; LA ROVERE, E. L.; RIEGELHAUPT, E. M.; HENRIQUE, F. L.; FARIA, F. F. de; PATERNOST, F. F.; CESÁRIO, F. V.; PEREIRA, F. R. de S.; PAREYN, F. G. C.; RODRIGUES, G. A. H.; BERTANI, G.; LEMOS, G. da S.; RIBEIRO, G. H. P. de M.; CABRAL, G. H.; FROES, G. A. M.; GOES, G. V.; ANDRADE, G. S. de; CARVALHO, G. C. de; NASPOLINI, G. F.; CHRISTO, G. L. de; SANTOS, G. V. dos; BARROS, H. H. D. de; HASENACK, H.; TAVARES, H. C.; MARTINS, I. T.; FRANÇA, I. E. R.; ROITMAN, I.; SOARES, I. M. de M.; SIMIONATO, J.; FREITAS, J.; OMETTO, J. P. H. B.; LINARES, J. A. H.; RISSO, J.; CRUZ FILHO, J. L. V. da; QUINTÃO, J. M. B.; SILVA, J. S. O.; LANA, J. T. de O.; ZANATTA, J. A.; MARACAHIPES, L.; RIBEIRO, L. da S.; VICENTE, L. E.; SCHRAMM, L. F. P.; ROSSI, L. M. B.; SILVA, M. G. da; SARAIVA, M.; D'AGOSTO, M. de A.; VIRTUOSO, M. A.; LIGO, M. A. V.; RACHWAL, M. F. G.; ROSA, M.; PICHARILLO, M. E.; SILVA, M. G. L. da; MATSUURA, M. I. da S. F.; DALLA BETTA, M. M.; PEREIRA, M. J.; CARON, M. L.; ASSIS, M. L. R. de; SANTOS, M. M. de O.; ROCHA, M. B.; BUSTAMANTE, M. M. da C.; WALTER, M. C.; AQUINO, M. F. S. de; SALGADO, M. P. G.; SERRUYA, N. M.; MOREIRA, N. de P.; FERREIRA, N. C.; RAMOS, N. P.; CABRAL, O. M. R.; MOSER, P.; COLTURATO, P. D.; GRÜTZMACHER, P.; AUGUSTO, R. C.; GRISOLI, R. P. S.; SOLARI, R.; PAZIANOTTO, R. A. A.; DUPONT, R. A. B.; CANTINHO, R. Z.; PEIXOTO, R. de A.; PADILHA, R. A.; NICOLOSO, R. da S.; OLIVEIRA, R. R. S. de; HIGA, R. C. V.; GUIDOTTI, R. M. M.; NOGUEIRA, S. F.; MAIA, S. M. F.; ASSIS, T. F. de; IGAWA, T. K.; RODRIGUES, T. da S.; CARMO, T. R. L. do; MIRANDA, V. S.; KONDO, V. Y.; SCIVITTARO, W. B.; WILLS, W.; HOLLER, W. A. Inventário nacional de emissões e remoções antrópicas de gases de efeito estufa. In: BRASIL. Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações. Quarta Comunicação Nacional do Brasil à Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima. Brasília, DF, 2021. cap. 2, p. 80-181.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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| 4. | | MONTEIRO, J. E. B. de A.; COSTA, F. de S.; BEZERRA, M. A.; COMUNELLO, E.; ZOLIN, C. A.; PEREIRA, J. R.; MELEM JUNIOR, N. J.; ANTONIO, I. C.; SANTIAGO, A. V.; SILVA, S. C. da; SILVA, F. A. M. da; STEINMETZ, S.; KLEPKER, D.; COELHO FILHO, M. A.; CABRAL, O. M. R.; ANDRADE JUNIOR, A. S. de; GUIMARAES, D. P.; SORIANO, B. M. A.; PEZZOPANE, J. R. M.; EVANGELISTA, B. A.; ALVES, A. B.; MOURA, M. S. B. de; FARIAS, J. R. B.; BARROS, A. H. C.; TEIXEIRA, W. G.; SILVA, A. A. G. da; CUNHA, G. R. da; CONCEIÇÃO, M. A. F.; HIGA, R. C. V.; PELLEGRINO, G. Q. Zoneamento Agrícola de Risco Climático (ZARC). In: SOTTA, E. D.; SAMPAIO, F. G.; MARZALL, K.; SILVA, W. G. da (org.). Estratégias de adaptação às mudanças do clima dos sistemas agropecuários brasileiros. Brasília, DF: MAPA, 2021. p. 102-103.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Algodão; Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Cocais; Embrapa Florestas; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pantanal; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima; Embrapa Semiárido; Embrapa Soja; Embrapa Solos; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Trigo; Embrapa Uva e Vinho. MenosEmbrapa Acre; Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Agrossilvipastoril; Embrapa Algodão; Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão... Mostrar Todas |
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| 5. | | CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; SANTOS, P. M.; OLIVEIRA, P. P. A.; KEMENES, A.; GUIMARAES, L. J. M.; MAGALHÃES, C. A. de S.; CAMARGO, L. S. de A.; ANGELOTTI, F.; GIONGO, V.; ANDRADE, C. de L. T. de; PEREIRA, L. G. R.; STEINMETZ, S.; PACKER, A. P.; HIGA, R. C. V.; MONTEIRO, J. E. B. de A.; RAMOS, N. P.; SAMPAIO, F. G.; NECHET, K. de L.; ANDRADE, C. A. de; BATISTA, E. R.; PELLEGRINO, G. Q. Resilience and adaptation of agriculture to climate change. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Climate action: contributions of Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2020. chap. 3, p. 31-46. (Sustainable development goals, 13). Na publicação: Vanderlise Giongo Petrere.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; MADARI, B. E.; ASSAD, E. D.; OLIVEIRA, P. P. A.; ANGELOTTI, F.; GIONGO, V.; VICTORIA, D. de C.; PEREIRA, L. G. R.; GONDIM, R. S.; OLIVEIRA, A. F. de; HIGA, R. C. V. Climate change and Brazilian agriculture. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Climate action: contributions of Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2020. chap. 2, p. 21-29. (Sustainable development goals, 13). Na publicação: Vanderlise Giongo Petrere.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | MADARI, B. E.; CUADRA, S. V.; OLIVEIRA, P. P. A.; HIGA, R. C. V.; RAMOS, N. P.; ANDRADE, C. A. de; KEMENES, A.; GONDIM, R. S. The role of agriculture in mitigating greenhouse gas emissions. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Climate action: contributions of Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2020. p. 57-65. (Sustainable development goals, 13).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | VELOSO, M. G.; DIECKOW, J.; ZANATTA, J. A.; PERGHER, M.; BAYER, C.; HIGA, R. C. V. Long-term loblolly pine land use reduces methane and net greenhouse gas emissions in a subtropical Cambisol, despite increasing nitrous oxide. Annals of Forest Science, v. 7, n. 3, article 86, Sept. 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | ZANATTA, J. A.; RACHWAL, M. F. G.; HOLLER, W. A.; BORDRON, B.; ROSSI, L. M. B.; HIGA, R. C. V. Estoque de carbono de florestas plantadas no Brasil. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 230. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 12. | | MEDINA-MACEDO, L.; PETTENATI, J. G.; BIBEIRO, F. de A.; BITTENCOURT, J. V. M.; HIGA, R. C. V.; HIGA, A. R. Simulating environmental changes to evaluate the frost resilience of Eucalyptus clones. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 39, (nesp), e201902043, 2019. p. 328-329. Edição especial dos resumos do IUFRO World Congress, 25., 2019, Curitiba.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 13. | | VELOSO, M. G.; DIECKOW, J.; ZANATTA, J. A.; BAYER, C.; HIGA, R. C. V.; BREVILIERI, R. C.; COMERFORD, N. B.; STOPPE, A. M. Reforestation with loblolly pine can restore the initial soil carbon stock relative to a subtropical natural forest after 30 years. European Journal of Forest Research, v. 137, p. 593-604, Oct. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 14. | | CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; SANTOS, P. M.; OLIVEIRA, P. P. A.; KEMENES, A.; GUIMARÃES, L. J. M.; MAGALHÃES, C. A. de S.; CAMARGO, L. S. de A.; ANGELOTTI, F.; PETRERE, V. G.; ANDRADE, C. de L. T. de; PEREIRA, L. G. R.; STEINMETZ, S.; PACKER, A. P. C.; HIGA, R. C. V.; MONTEIRO, J. E. B. de A.; RAMOS, N. P.; SAMPAIO, F. G.; NECHET, K. de L.; ANDRADE, C. A. de; BATISTA, E. R.; PELLEGRINO, G. Q. Resiliência e adaptação da agropecuária às mudanças climáticas. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Ação contra a mudança global do clima: contribuições da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2018. Cap. 3, p. 31-47. E-book. (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 13).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Florestas; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; SANTOS, P. M.; OLIVEIRA, P. P. A.; KEMENES, A.; GUIMARAES, L. J. M.; MAGALHÃES, C. A. de S.; CAMARGO, L. S. de A.; ANGELOTTI, F.; PETRERE, V. G.; ANDRADE, C. de L. T. de; PEREIRA, L. G. R.; STEINMETZ, S.; PACKER, A. P. C.; HIGA, R. C. V.; MONTEIRO, J. E. B. de A.; RAMOS, N. P.; SAMPAIO, F. G.; NECHET, K. de L.; ANDRADE, C. A. de; BATISTA, E. R.; PELLEGRINO, G. Q. Resiliência e adaptação da agropecuária às mudanças climáticas. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Ação contra a mudança global do clima: contribuições da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2018. E-book. (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 13). Cap. 3. p. 47-73| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 16. | | CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; MADARI, B. E.; ASSAD, E. D.; OLIVEIRA, P. P. A.; ANGELOTTI, F.; GIONGO, V.; VICTORIA, D. de C.; PEREIRA, L. G. R.; GONDIM, R. S.; OLIVEIRA, A. F. de; HIGA, R. C. V. Mudanças climáticas e a agropecuária brasileira. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Ação contra a mudança global do clima: contribuições da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2018. Cap. 2. E-book.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Semiárido. |
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| 17. | | MADARI, B. E.; CUADRA, S. V.; OLIVEIRA, P. P. A.; HIGA, R. C. V.; RAMOS, N. P.; ANDRADE, C. A. de; KEMENES, A.; GONDIM, R. S. O papel da agricultura na mitigação das emissões de gases de efeito estufa. In: CUADRA, S. V.; HEINEMANN, A. B.; BARIONI, L. G.; MOZZER, G. B.; BERGIER, I. (Ed.). Ação contra a mudança global do clima: contribuições da Embrapa. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 59-68. (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 13).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Florestas; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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